Hermann Samuel Reimarus wurde am 22. Dezember 1694 als erstes Kind von Nikolaus Reimarus und Johanna Wetken in Hamburg geboren.
Väterlicherseits einer lutherischen Pfarrerfamilie, mütterlicherseits einer angesehenen Familie des Hamburger Bürgertums entstammend, erhielt Reimarus von 1708 an eine gründliche Schulbildung am Hamburger Johanneum, an dem sein Vater als Lehrer tätig war. Diese vertiefte er ab 1710 unter der Obhut des Theologen, Latinisten und Gräzisten Johann Albert Fabricius am Akademischen Gymnasium.